Legion Maryi jest narzędziem oddanym do dyspozycji ks. proboszcza w prowadzeniu misji i nowej ewangelizacji wśród mieszkańców parafii. Natomiast wyrażenie zgody na działalność Legionu Maryi w diecezji leży w gestii ks. bpa Ordynariusza.

Schemat organizacyjny LM przedstawia się następująco.
Najmniejszą jednostką Legionu jest grupa parafialna, zwana prezydium, licząca kilka-kilkanaście osób. Każda grupa ma kierownika duchowego – opiekuna z ramienia ks. proboszcza, oraz czterosobowy zarząd. Każda grupa odbywa regularne cotygodniowe spotkania formacyjno-modlitewne, a każdy członek grupy – legionista aktywny – ma obowiązek uczestniczenia w zebraniu oraz podejmowania czynnej ewangelizacji.

Kilka grup parafialnych tworzy radę wyższą, tzw. Kurię, kilka Kurii tworzy Komicjum (pokrywające się zazwyczaj z obszarem diecezji). Księdza opiekuna duchowego dla rad LM mianuje Ks. biskup Ordynariusz. Jeżeli w kraju jest kilka komicjów, to jedno z nich, z czasem, uzyskuje status rady wyższej zwanej Regia lub Senat. Rady danego kraju (Komicja lub Regia/Senat) podlegają naczelnej radzie Legionu Maryi, jaką jest Concilium Legionis Mariae z siedzibą w Dublinie.

Oprócz członków aktywnych, bardzo ważną grupą w Legionie są członkowie pomocniczy, wspomagający swoją codzienną modlitwą pracę apostolską Legionu na calym świecie.